• Страница 1 из 1
  • 1
Модератор форума: Webmaster, ARK, DJ, ksyu  
Современный Форум о ВИЧ » ВИЧ+ » Здоровье » генетический анализ вируса (что это такое)
генетический анализ вируса
3497 постов
Награды: 149
Дата: Сб, 15.11.14, 07:51 | Сообщение # 1
Этот термин встретила в одной левой статейке.
http://ivona.bigmir.net/health....nikjura
кто как где проводит?


У каждого возраста свои иллюзии /с/.
Профиль
ijon88 Offline
451 пост
Награды: 22
Дата: Сб, 15.11.14, 21:15 | Сообщение # 2
Генотипирование – это восстановление генетической информации культуры вируса, взятой из крови пациента. Генетическая информация ВИЧ представлена двумя молекулами РНК, находящимися в сердцевине каждой вирусной частицы. Эта информация кодируется в виде последовательности нуклеотидов, из которых состоит полимерная молекула РНК, которую можно себе воображать как длинную цепь из этих нуклеотидов. Последовательность из примерно 9000 нуклеотидов кодирует отдельные гены, которые описывают структуру 15 белков, присутствие которых необходимо в инфицируемых клетках, для того чтобы они эффективно производили и собирали новые вирусные частицы.

Структура белков определяет их функцию. Поскольку при сборке новых вирусных частиц ВИЧ генетический материал часто копируется с ошибками, структура и функция белков, закодированных в новых вирусных частицах, меняется случайным образом. Большая часть этих изменений приводит к созданию вирусных частиц, которые не могут проникать в новые клетки, или не могут собирать вирусные частицы следующих поколений, или делают это неэффективно. Вирусные частицы с такими изменениями нежизнеспособны. Но редкие изменения оказываются удачными и приводят к большей жизнеспособности вируса в организме пациента. Согласно теории эволюции, выживают более приспособленные (жизнеспособные в организме конкретного пациента). Эти изменения называются мутациями. В генетической информации РНК им соответствуют замены, вставки или удаления отдельных нуклеотидов.

Современные технологии позволяют очень точно восстановить полную нуклеотидную последовательность РНК. В этом и состоит метод генотипирования. Но на практике ситуация осложняется тем, что культура из крови пациента представляет собой сложный коктейль штаммов, генетическая информация в каждом из которых немного отличается. Поэтому эффективность генотипирования ограничена: выявляются только самые популярные версии генов. Обычно в литературе пишут, что выявляются только версии генов, которые присутствуют в > 20% вирусных частиц. Другое практическое ограничение: если вирусная нагрузка меньше 1000 копий/мл, то этого может оказаться недостаточно для надёжной расшифровки генетической информации (точный порог зависит от используемого лабораторного оборудования).

Подобное исследование можно использовать для того, чтобы оценить правдоподобность гипотезы о том, что один человек N инфицировал другого K. Ведь если K действительно не слишком давно заразился от N, то генетическая информация вирусов из их крови будет похожа, потому что их вирусы не успели сильно эволюционировать, приспосабливаясь к меняющимся условиях "проживания" в телах своих хозяев. Но этот метод не позволяет ответить на вопрос о том, действительно ли N заразил K, или K заразил N, или может быть они оба независимо заразились от третьего лица? Во всех этих случаях генетическая информация будет похожа. Сложный метод. Тем не менее он используют в клинических исследованиях, посвящённых передаче ВИЧ в серодискордантных парах (HTPN 052, PARTNERS, Opposites Attract, и похоже, он же использовался в статье, которую прочитала Тетя_Соня) для того, чтобы установить, какая из двух гипотез правдоподобнее: первая гипотеза – ранее отрицательный партнёр заразился от своего постоянного положительного партнёра; вторая гипотеза – ранее отрицательный партнёр заразился ВИЧ "на стороне" от третьего лица. Это генетическое исследование можно использовать и в криминалистике.

В медицинской практике генотипирование ВИЧ у конкретного пациента используют для того чтобы предсказать возможную неэффективность некоторых препаратов АРТ. Препараты, для которых предсказана неэффективность, по возможности исключаются из схемы терапии.

Как это работает? По точной последовательности нуклеотидов, которую даёт генотипирование вируса, можно точно установить линейную структуру белков, но к сожалению, не их точную пространственную форму и не их функциональные особенности. (Это очень сложная вычислительно-исследовательская задача, которая требует почти индивидуального подхода для каждой версии гена.) Поэтому невозможно точно сказать, будет ли работать конкретный препарат АРТ для конкретного белка, закодированного в конкретной версии гена :-( К счастью, накоплена большая статистическая база пациентов, которым ранее уже было сделано генотипирование и известна эффективность применявшихся у них схем терапии. Поэтому для многих версий генов можно довольно надёжно предсказать, влияют ли они на эффективность отдельных препаратов, т.е. обладает ли вирусная популяция конкретного пациента резистентностью к отдельным препаратам. Этот метод называется "виртуальным фенотипированием". Слово "виртуальный" подчёркивает, что эта часть исследования выполняется не в лаборатории, а базе данных. Чем больше данных в используемой базе, тем точнее предсказания метода. Генотипирование без виртуального фенотипирования не позволяет предсказать резистентность вирусной популяции пациента, только вместе.

В западных рекомендациях по лечению ВИЧ-инфекции рекомендуют проводить исследование, направленное на выявление резистентности к препаратам АРТ, в следующих случаях:
1) сразу после постановки диагноза "ВИЧ-инфекция", как можно скорее, непременно до начала терапии;
2) если терапия потерпела вирусологическую неудачу (не удалось достичь ВН < 200 коп/мл в первые шесть месяцев терапии; или через некоторое время после достижения такой низкой ВН, она вновь приняла стабильные значения выше 200 коп/мл), перед изменением схемы АРТ.
Я встречал оценки стоимости генотипирования + виртуального фенотипирования на уровне примерно в 400 USD.

В российских национальных клинических рекомендациях есть похожие данные. В таблице рекомендованного мониторинга в строке "тест на резистентность" стоят плюсы в столбцах "постановка на диспансерный учёт" и "начало терапии и её изменение". В лабораторных бланках МГСЦ для этого исследования предусмотрена графа "РНК ВИЧ-1 резистентность". Говорят, что иногда это исследование действительно назначают, но уж точно не массово. Насколько я знаю, исследование на резистентность в РФ выполняют только в Федеральном Центре СПИДа, только платно и только по направлению врачей СПИД-центров.

Помимо связки генотипирования + виртуального фенотипирования для исследования резистентности можно использовать лабораторное фенотипирование. Способ выполнения этого метода похож на выполнение другого метода, широко распространённого в российской и мировой практике – бактериального посева с исследованием на устойчивость к антибиотикам. Бактериальный посев выращивается на агаре, при этом в агар подмешивают разные антибиотики, для того чтобы определить как их присутствие влияет на скорость размножения бактерий. Аналогично, вирусная культура ВИЧ из крови пациента выращивается "в пробирках" на лабораторной клеточной культуре. В пробирку подмешиваются разные АРТ-препараты, и по изменениям вирусной нагрузки после подмешивания делают выводы об устойчивости штаммов пациента к этим препаратам.

Метод лабораторного фенотипирования более хлопотный в реализации и немного дороже связки генотипирования и виртуального фенотипирования (стоимость около 600 USD?). Я не знаю какой из этих двух методов используют в Федеральном Центре СПИДа и какие там сейчас расценки.


Сообщение отредактировал ijon88 - Сб, 15.11.14, 21:23
Профиль
Современный Форум о ВИЧ » ВИЧ+ » Здоровье » генетический анализ вируса (что это такое)
  • Страница 1 из 1
  • 1
Поиск:


ВИЧ+ Форум Топ
Здравствуйте! Принимайте пополнение...Часть[2] [9605 ответов]
Вт 16.08.22 22:39 от 68кошка68
Дважды облегченная схема. [26 ответов]
Вс 14.08.22 18:25 от parsek73
Как долго дискордантные пары остаются "+" и "-" ? [1293 ответов]
Ср 10.08.22 16:31 от Sverdlovchanin
ИС и ВН. Статистика результатов. Часть 2. [999 ответов]
Вт 09.08.22 17:21 от Alex99
Расшифруйте пожалуйста анализ [30 ответов]
Ср 03.08.22 23:01 от Tala
Панические атаки [38 ответов]
Пн 01.08.22 12:49 от Нина
Вирус паппиломы человека (ВПЧ) [121 ответов]
Сб 23.07.22 15:10 от Yulia-Zaya
анемия тяжелой степени [67 ответов]
Пт 22.07.22 22:24 от 68кошка68
ВИЧ+ Чат [ без политики ]